تدار الجمعية من قبل مجلس إدارة يراعي سياسات وممارسات الحكومة
والفريق التنفيذي والذي يشمل المدير والمديرين التنفيذيين الدائمين والذين هم قادة مجتمعيون وخبراء في مجال التنمية وممثلي التمويل متناهي الصغر والمشروعات الصغيرة 
يشمل نهج إدارة جمعية المبادرة وضع وتنفيذ سياسات والأدوات و الإجراءات اللازمة لضمان الإدارة الفعالة لموارد الجمعية وتحقيق النتائج، مع التركيز على دعم تطوير المنظمات غير الحكومية الشريكة،وموظفي فروع الجمعية، وضمان التعميم الكامل لمبادئ المساواة في النوع الإجتماعي كما تملك جمعية المبادرة أنظمة فعالة وذات كفاءة لإدارة الأموال، وأدلة الإجراءات التفصيلية للتمويل  متناهي الصغر، والتتبع الآلي للقروض ونظم الرقابة الداخلية والخارجية الفعالة